Metal Gear Survive segue uma história paralela ao final de Metal Gear Solid V: Ground Zeroes, levando o jogador a uma realidade alternativa causado por um inexplicável buraco de minhoca que se formou. Os jogadores se encontram em cenários desérticos distorcidos, repletos de enormes estruturas, ameaças biológicas vivas e os restos do que um dia foi uma força militar. Em uma luta para continuar vivo neste hambiente hostil repleto de criaturas mortais, soldados da antiga Mother Base agora devem trabalhar juntos para sobreviver.